С ещё одним журналом вряд ли что-то выйдет, так как статей не хватает и на один. :-)
По поводу сложностей, ну... Вёрстку номеров 3, 4 и 5 я делал в Scribus для Windows. Крайне глючная и неудобная программа, надо сказать. Но имеет два достоинства - бесплатность и возможность прямого экспорта в PDF с гибкими настройками качества. Для обработки графики я использую GIMP, для создания простеньких 3D-моделей - Google SketchUP.
В принципе, на одну небольшую статью уходит часа 3-4, т.е. это проверка орфографии, создание заголовка, размещение текста и картинок, проверка ссылок и пр. Ещё много времени, конечно, занимает объединение всех статей в один файл, причём чтобы он был как можно меньше размером, но при этом все картинки имели бы нормальное качество. Я обычно каждую статью делаю в виде отдельного SLA-файла Scribus'а, потом по одной экспортирую в PDF. Причём каждую статью со своими настройками качества, т.к., например, если в статье только схемы, то настройки нужно выбирать одни, а если только фото - то другие.
После создания PDF со всеми статьями я уже объединяю всё в один файл. Там ещё нужно содержание с гиперссылками по журналу сделать, закладки и т.п. Плохо, что нет нормального бесплатного редактора PDF...