С одной стороны, действительно, как сейчас выглядит странно. Но в плане указания номера текущий вариант удобнее - иначе иногда будет возникать неоднозначность, если кто-то будет писать, скажем, "в №4" - то ли это №4 за этот год, то ли №4 по сквозной нумерации...
Кроме того, изначально журнал выходил крайне неравномерно, т.е. там не было именно по 4 номера за год - то 1 был, то 2 за год...
Да и старые номера будет сложновато редактировать, чтобы везде была одинаковая нумерация (если решим поменять).
Так что даже не знаю...

Год на обложке я пишу больше для удобства - ведь в статьях иногда пишут только месяц, т.е. что-нибудь вроде "...в сентябре этого года...". А так читатель может глянуть на обложку и узнать год, про который, собственно, речь. Ну и для новостей это имеет значение, там тоже не всегда год указан.
Иначе вообще можно было бы обойтись только сквозной нумерацией.
В общем, не знаю, я в сомнениях. Когда-то вместо номера в пределах года вообще писали "осень 2019" или что-то подобное, т.к журнал примерно ежеквартальный...